Foto: CFIIV
Centar za forenzična ispitivanja, istraživanja i vještačenja „Ivan Vučetić“ kroz suradnju sa Sveučilištem u Zagrebu sustavno studentima prenosi znanja i vještine kroz predmete preddiplomskih, diplomskih i integriranih preddiplomskih i diplomskih te doktorskih studija. U okviru vrhunskih kompetencija iz područja forenzike, djelatnici Centra obogaćuju znanje mladih ljudi koji dolaze iz raznorodnih znanstvenih područja. Osim toga, u Centru se studenti imaju priliku upoznati s najnovijim tehnologijama koje nose aplikativnu vrijednost u istraživanjima i izvan forenzike, s ciljem doprinosa cjelokupnoj hrvatskoj znanstvenoj zajednici.
Primjerice, ovih dana je u okviru Poslijediplomskog doktorskog studija iz veterinarskih znanosti Veterinarskog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu, u Centru održana nastava za buduće doktore znanosti iz tri predmeta: Metode molekularne biologije u veterinarskoj medicini, Molekularna biologija u veterini te Stanična i razvojna biologija. Nastavu u obliku predavanja, seminara i vježbi održali su djelatnici Centra doc. dr. sc. Gordan Mršić (znanstveni savjetnik), dr. sc. Marina Korolija (znanstveni suradnik), dr. sc. Ivana Račić (znanstveni suradnik) i Adela Makar, mag. biol. mol., te prof. dr. sc. Maja Popović s Veterinarskog fakulteta.
U težnji za postizanjem što višeg stupnja izvrsnosti, budući doktori znanosti imali su priliku upoznati se s molekularno-genetskom analizom u forenzici, stavljajući naglasak na metodološka, teoretska i praktična znanja te procese razvoja ove znanosti na humanim i animalnim uzorcima. Nakon teoretskog dijela, budući doktori znanosti odradili su vježbe u jednom od najmodernijih molekularno-genetskih laboratorija u Europi za sekvenciranje DNA uzoraka tehnologijom nove generacije (engl. Next Generation Sequencing, skraćeno NGS).
U NGS laboratoriju Centra studentima je objašnjen proces uz demonstraciju uređaja koji se koriste u procesu sekvenciranja. Prvi korak u analizi uzoraka je izolacija i pročišćavanje DNA iz stanica, tkiva ili tjelesnih tekućina (krv, epitel, slina, sperma, vlas, kost, zub...). U tu svrhu se koristi uređaj EZ1 advanced XL (Qiagen), pomoću kojeg se DNA pročišćava vezanjem na magnetne kuglice. Nakon ispiranja, uzorci su spremni za određivanja koncentracije. Laboratorij Centra raspolaže nizom kvantifikacijskih uređaja (fluorimetar Qubit 3.0 (Life Technologies), uređaj Rotor-Gene Q (Qiagen), uređaj LabChip GX Touch (Perkin Elmer)), a najprikladniji se odabire prema vrsti i količini uzorka. Nakon određivanja koncentracije, izolirana DNA se umnaža metodom lančane reakcije polimerazom PCR (engl. Polymerase Chain Reaction, skraćeno PCR) pomoću uređaja Mastercycler Nexus Gradient GSX1 Thermal Cycler (Eppendorf). Koncentracija umnoženih odsječaka DNA se zatim određuje pomoću fluorimetra Qubit 3.0 (Life Technologies), a kvaliteta pomoću standardne gel elektroforeze ili uređaja LabChip GX Touch (Perkin Elmer).
Slijede najosjetljiviji i najkompleksniji koraci u pripremi uzoraka za sekvenciranje nove generacije: 1. tagmentacija (enzimsko fragmentiranje umnoženih odsječaka DNA i njihovo obilježavanje adapterskim oligonukleotidima), 2. indeksiranje (PCR kojim se na tagmentirane fragmente dodaju oligonukleotidi za kasniju identifikaciju uzoraka i vezanje na površinu čipa za sekvenciranje), 3. pročišćavanje dobivenih fragmenata. U laboratoriju postoji mogućnost automatizacije dijelova spomenutog procesa pomoću automatizirane pipetne stanice Janus Express NGS (Perkin Elmer), koji će se implementirati nakon razvoja specifičnih protokola. Sljedeći korak je sekvenciranje uzoraka pomoću uređaja MiSeq (Illumina). Ovaj sekvencer nove generacije se temelji na metodi „sekvenciranja po sintezi“ (engl.sequencing by synthesis) koja omogućuje analizu izuzetno velikog broja DNA fragmenata u kratkom vremenskom periodu. Po završetku sekvenciranja, slijedi računalna obrada podataka pomoću specijaliziranih računalnih programa kojima se uzorci demultipleksiraju, procjenjuje se kvalitete sekvenciranja, konstruiraju se cjelovite sekvence prema referentnoj sekvenci, prikazuju se varijante itd.